We raden aan met het openbaar vervoer naar Naturalis te komen: het museum ligt op loopafstand van treinstation Leiden Centraal. Neem de uitgang LUMC-zijde. De looproute is duidelijk aangegeven vanaf het station. Ook rijden er bussen vanaf Centraal Station. Je kunt uitstappen voor de deur, bij bushalte Darwinweg/Naturalis.
Je kunt voor €7,50 per dag parkeren bij Naturalis (tot 17.30 uur). Uitrijkaarten zijn alleen verkrijgbaar in Naturalis (en gelden alleen voor ons parkeerterrein). Het is niet mogelijk om per uur te betalen. Het aantal plaatsen is echter beperkt en wij reserveren geen parkeerplaatsen voor zakelijke groepen, zeker in schoolvakanties raden wij aan met het openbaar vervoer te reizen. Als de parkeerplaats vol is zijn er verschillende opties in de omgeving, zoals parkeergarage Morspoort (10 minuten lopen) en parkeergarage Ehrenfestweg (15 minuten lopen). Ook kunnen we het parkeerterrein aan de Haagweg aanbevelen. We beschikken over vier parkeerplaatsen voor mensen met een beperking. Opladen van elektrische auto's is mogelijk via de aanwezige oplaadpalen.